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        微生物宏基因組學及后期數據分析專題培訓班通知
        點擊次數:4725 發布日期:2019-9-27  來源:本站 本站原創,轉載請注明出處
        各有關單位:
        微生物作為地球環境中的一大類生物群體,每種微生物都有其獨特的功能。微生物學(microbiology)作為生物學的分支學科之一,在許多學科領域都發揮著舉足輕重的作用。作為國內最大的綜合性微生物學研究機構,為推動我國微生物學的發展,提高從業人員的技術水平,更好地與微生物研究領域的專家學者們分享、交流在微生物研究領域中的心得、經驗。應廣大行業工作者的要求,由中科成創(北京)生物技術有限公司舉辦“生物信息學最新技術-微生物宏基因組學及后期數據分析專題培訓班。培訓班采用理論和演示相結合的教學形式,使學員在短時間內對微生物研究中涉及的知識和方法得到進一步地提高,同時學員與授課專家進行現場交流與咨詢,探討學員在平時工作、研究中的瓶頸問題。與同行交流以拓寬自己的研究思路,共同探討和挖掘微生物資源的科學研究價值和應用前景。具體事宜通知如下:
         
        一、培訓目標及特點:
        本培訓以微生物宏基因組學技術的應用與數據分析為主題,精心設計了具有前沿性、實用性和針對性強的理論課程和上機課程。培訓邀請的主講人均是有理論和實際研究經驗的人員。學員通過與專家直接交流,能夠分享到這些頂尖學術機構的研究經驗和實驗設計思路。學員通過集中專題學習后能夠擴展思路,在研究技術方面領悟更多。
        二、授課專家:
        主講專家來自中科院科研機構的高級專家,擁有豐富的科研工作經驗,長期從事生物信息學方面的項目研究,發表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等雜志40多篇。具有資深的技術底蘊和專業背景,目前承擔國家科技部、國家自然基金委和市科技新星項目等多項課題。
        三、培訓對象:
        大中專院校生物信息、生物計算、生命科學、醫學、化學、農學、計算機科學、數學類專業的課程負責人、一線教師、教研室骨干人員、教學管理人員;科研單位從事生物、生命科學、微生物研究的相關人員;生物、醫藥、化學及相關企業的領導與技術骨干。
        四、時間地點:2019年11月28日—12月1日  江蘇 南京(時間安排:第1天報到,授課3天)
        五、培訓內容:
        理論內容:
        一、宏基因組學
        1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING
        1.1. 測序平臺、引物設計及區域選擇不同測序平臺、針對細菌、真菌不同微生物實驗設計
        1.2. 測序量及采樣建議
        針對水體、糞便、土壤、物體表面、口腔等不同生境
        1.3. 分析流程圖
        數據收集、數據預處理、數據分析
        1.4. 結果解析
        1.4.1 OTU聚類
        1.4.2 物種注釋
        1.4.3 物種分布情況
        1.4.4 樣品復雜度分析:α多樣性
        Coverage
        Chao指數
        ACE指數
        Shannon曲線
        Richness rarefaction曲線
        1.4.5 多樣品比較分析:β多樣性
        樣品間物種豐度熱圖
        排序分析:
        PCA分析
        PCoA分析
        NMDS分析
        Unifrac分析
        樣品聚類分析
        2. DSS (direct shotgun sequencing)法
        2.1. 分析流程
        2.2. 功能注釋分析
        2.3. 代謝途徑解析
        二、宏轉錄組學
        1 介紹
        2 物種組成、功能及代謝途徑分析
        宏基因組優勢菌分析
        1.泛基因組分析
        2.宏基因組中的優勢菌株單基因組分析
        上機實習:
        一、宏基因組中的優勢菌株單基因組常規分析流程
        1.原始數據評估 (fastqc
        2 基因組拼接、畫圖(CGview等)
        3 功能注釋 (KEGG、CARD、Resfinder等)
        4 進化樹分析 (MEGA、evolview
        5 多菌株泛基因組分析 (PanGP)
        二、宏基因組學(16S部分)介紹以及上機操作
        1.Virtual box 及Qiime2 安裝
        2.Linux基礎知識介紹
        3.Qiime2:數據處理,
        質控,
        生成feature
        進化樹構建,
        多樣性分析,
        差異分析,
        物種注釋
        三、R語言基礎及宏基因組相關統計分析
        1.常用基本命令
        變量賦值
        文件讀寫
        常用的統計函數
        2.差異OTU及差異菌群分析
        wilcox檢驗
        3.相關性檢驗
        差異OTU與樣本臨床信息相關性檢驗
        4.alpha多樣性
        5.beta多樣性
        6.PCoA
        7.機器學習
        邏輯回歸
        隨機森林
        svm
        六、報名辦法及費用: 
        每人¥3980元(含報名費、培訓費、資料費、上機費)
        團隊報名:4+1優惠。(5位其中1位免除費用)
        食宿可統一安排,費用自理。各單位人員報名參加,報名回執表請回傳至會務處即可。
        如單位有內訓需求,請將內訓方案傳至會務組,根據單位需求安排相應專家進行授課
         
        七、聯系方式:  
        聯系人:張琦  177 4456 9660
        報名郵箱:zkcc_BIS@vip.163.com
                                                          中科成創(北京)生物技術有限公司
        二零一九年九月二十六日
         
        參考附件:報名回執表.doc
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