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        伯豪生物芯片服務助力客戶circRNA研究新成果
        點擊次數:1650 發布日期:2017-8-9  來源:本站 僅供參考,謝絕轉載,否則責任自負

        伯豪生物芯片服務助力客戶circRNA研究新成果

        研究背景

        放射治療是肝癌治療的有效手段之一,然而放射性肝纖維化是肝癌放射治療的常見并發癥,制約肝癌放療效果。放射性肝纖維化的發病機制仍未明晰,有待進一步研究。環狀RNA(circular RNA,circRNA)是一類廣泛參與多種生物學進程的非編碼RNA,在人類多種疾病的發生和發展中發揮重要作用。本研究通過伯豪生物提供的circRNA芯片對正常和接受放療的肝星狀細胞中差異表達的circRNA進行分析,探討其在放射性肝纖維化發病過程中的作用。

        研究結果

        1.差異circRNA篩選

               為探究放療對肝星狀細胞內circRNA表達變化的影響,研究人員利用circRNA表達譜芯片(伯豪生物提供),對正常人肝星狀細胞株LX2細胞和接受8Gy X線照射的LX2細胞進行circRNA檢測,發現照射后LX2細胞中差異表達(變化2倍以上)的circRNA共809個,其中表達上調179個,表達下調630個。

        2. qRT-PCR驗證circRNA的表達

               研究人員隨機選取表達上調和下調的circRNA各3個進行qRT-PCR,結果顯示與正常LX2細胞相比,hsa_circ_0072765、hsa_circ_0071410和hsa_circ_0054345表達明顯上調,而hsa_circ_0070963、hsa_circ_0061893和hsa_circ_0013255表達明顯下調,與芯片結果一致。

        3. 差異circRNA功能分析

               那么,這些差異的circRNA主要參與哪些生物學功能和信號通路呢?GO富集分析顯示,這些表達上調的circRNA的親本基因主要涉及到細胞有絲分裂、細胞器組成和細胞周期過程,而表達下調的circRNA的親本基因主要涉及到細胞組分、細胞質和蛋白結合等;pathway富集分析顯示,表達上調的circRNA的親本基因主要涉及到“泛素介導的蛋白酶解”、“細胞周期”和“RNA轉運”等,而表達下調的circRNA的親本基因主要涉及到“磷酸戊糖途徑”、“粘多糖降解”和“磷脂酰肌醇信號系統”等。
         
         

        4.預測與circRNA互作的miRNA

               既往報道circRNA可作為miRNA海綿發揮功能,為挖掘本研究中異常表達的circRNA的潛在生物學功能,研究人員運用TargetScan等預測網站對能夠與circRNA結合的miRNA進行預測,結果顯示共有704個circRNA與miRNA存在結合位點,并將上述已驗證的circRNA及其預測評分較高的5個miRNA的互作網絡采用cytoscape繪制構圖。

        5.沉默hsa_circ_0071410可緩解輻射誘導的肝星狀細胞活化

               前期生物信息預測發現hsa_circ_0071410與miR-9-5p存在3個結合位點且既往研究報道miR-9-5p可抑制肝星狀細胞活化。基于此,研究人員檢測發現miR-9-5p在接受照射的LX2細胞中低表達,而沉默hsa_circ_0071410的表達可升高miR-9-5p的表達,且緩解輻射誘導的LX2細胞活化,提示hsa_circ_0071410與miR-9-5p的互作可能參與放射性肝纖維化的發生發展。
         

        研究結論

               本研究應用circRNA芯片篩查出在接受放療的肝星狀細胞中差異表達的circRNA,并通過生物信息學分析,挖掘出這些差異表達基因的潛在功能和與miRNA的互作網絡,為放射性肝纖維化的研究提供新的思路。

        原文出處:
        Chen Y, Yuan B, Wu Z, Dong Y, Zhang L, Zeng Z(2017).Microarray profiling of circular RNAs and the potential regulatory role of hsa_circ_0071410 in the activated human hepatic stellate cell induced by irradiation.Gene,2017,629:35-42. 
        來源:上海伯豪生物技術有限公司
        聯系電話:021-51320288-8136
        E-mail:market@shbio.com

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